I supplementi non sono compresi; sui CNL si paga anche nei posti a sedere, qui dice €11,50: http://italiano.interrail.eu/enit/plann ... fees#night
Non mi pare che il treno conduca vetture camuffate da IC (e quindi esenti da supplemento) lungo tutto il percorso, ma bensì solo tra Praga e Berlino Ostbahnhof.
EDIT: Anzi no, ci sarebbe pure l'IC 60458 tra Frankfurt (Main) Süd e Basel SBB, ma mi sembra che la faccenda comincerebbe a farsi un po' troppo complessa...
EDIT dell'EDIT: Non passa per Berlino , ma porta due vetture in coda (da Binz-Berlino) che però vengono chiuse tra Erfurt e Francoforte: http://www.grahnert.homepage.t-online.de/r132-400.pdf (è il CNL 458), mentre il CNL Praga-Amsterdam porta vetture "IC" per Dresda-Berlino, da qui la mia confusione
Il Wiener Walzer (così come il LA Alte Spuren - Neue Wege (o come cavolo si chiama adesso il Vienna-Bregenz), non avendo prenotazione obbligatoria sono esenti, nei posti a sedere, da supplementi.
Anche molti treni diurni, purtroppo, sono soggetti a supplemento: il più esoso che ho trovato finora è il Varsavia-Berlino-Espresso, seguito a ruota, almeno formalmente, dai TGV.