Onestamente no, gli unici costi che sono relativamente "facili" da sapere sono quelli del canone di RFi per l'uso dell'infrastruttura. Dico relativamente perché bisogna conoscere in ogni tratto di linea qual'è la velocità media del treno, inoltre dipendono dall'ora in cui il treno viaggia e da tanti fattori.
Per un treno regionale diciamo che si aggirano sui 4€/km, per un IC/ES non saprei ma vista la maggior velocità posso stimare che sia almeno superiore ai 6€/km (per l'AV si parla di cifre intorno ai 12 €/km). Il canone è maggiore nelle ore di maggior traffico e nei grandi nodi urbani (dove per giunta non è calcolato a "km" ma più che altro a "tempo". Sul sito RFI c'è cmq la possibilità di farsi fare un preventivo, ma come detto bisogna conoscere la traccia esatta del treno ed è un procedimento un po' lunghetto e noioso...
Supponendo una cifra intorno ai 6€/km direi che solo per l'utilizzo dell'infrastruttura se ne vanno almeno 1000 euro.